Pierwszym z nich był ks. Stefan Niedzielak, proboszcz parafii św. Karola Boromeusza na warszawskich Powązkach, wielokrotnie wcześniej zastraszany przez SB, inicjator mszy za Ojczyznę w swojej parafii i wzniesienia tam krzyża upamiętniającego ofiary katyńskie. Drugim był ks. Stanisław Suchowolec z parafii w Białymstoku, kapelan tamtejszej „Solidarności”. Obaj zamordowani zostali pod koniec stycznia 1989 roku. Podczas trwających od 6 lutego 1989 r. obrad Okrągłego Stołu mecenas Władysław Siła-Nowicki poprosił o uczczenie ich pamięci minutą ciszy. Momentu tego nie transmitowała telewizja.
Zobacz fragment, którego nie pokazano telewidzom w 1989 roku
Władze PRL zdawały sobie sprawę z niebezpieczeństwa jakie dla polityki socjalizmu i jednopartyjności stanowił Kościół w Polsce. Głównie ze względu na fakt, że był jednym z nielicznych wówczas miejsc, gdzie nie obowiązywała cenzura i gdzie można mówić było o prawdzie historycznej. Wymiana niezależnych myśli i poglądów dokonywała się w KIK-ach, czyli Klubach Inteligencji Katolickiej, których członkowie znaleźli się później również jako negocjatorzy przy Okrągłym Stole.
Od 1980 roku coraz większe tłumy, manifestujące przeciw ograniczaniu wolności obywatelskiej w PRL, brały udział w Mszach Św. Za Ojczyznę. Zainicjował je w kościele p.w. Św. Stanisława Kostki ks. Teofil Bogucki w październiku 1980 r. Od 22 lutego 1982 r. odprawiano je systematycznie w ostatnią niedzielę miesiąca, a ks. Bogucki powierzył ich celebrowanie ks. Jerzemu Popiełuszce, najsłynniejszemu z kapłanów „Solidarności”.
Oficjalnie w imieniu kościoła w Polsce w jego stosunkach z państwem występował prymas - od 1948 roku do
swojej śmierci w 1981 roku pełnił tę funkcję Kardynał Stefan Wyszyński. Nazywany „Prymasem Tysiąclecia”, przeprowadził w Polsce w 1966 r. obchody Tysiąclecia Chrztu Polski, na których w Częstochowie zgromadziło się (wg różnych statystyk) od 300 do 500 tysięcy wiernych. Wydarzenie to poprzedzone zostało ponownym złożeniem Ślubów Jasnogórskich w 1956 r., których treść powstała w Komańczy, gdzie internowano Prymasa. Działania kard. Stefana Wyszyńskiego to także współpraca z posłami klubu Znak, którzy konsultowali z nim swoje decyzje i wsparcie, jakiego udzielał wiernym, a także wsparcie, jakie opozycji udzielał Kościół z jego przyzwoleniem. Stojąc zawsze po stronie zwykłych ludzi, starał się jednocześnie być mediatorem w napiętych stosunkach między władzą PRL a jej obywatelami, nawołując wielokrotnie do rozwagi i odpowiedzialności oraz pokojowego rozwiązywania konfliktów.
Zobacz fragment przemówienia prymasa Stefana Wyszyńskiego na Jasnej GórzeRównież jego następca - prymas Józef Glemp - kontynuował zarówno działania wspierające antykomunistyczną opozycję, jak również stał na straży praw należnych kościołowi w PRL.
Zobacz spotkanie prymasa Glempa z gen. Jaruzelskim przed wyborami 1989 rokuPrzełomem dla stosunków władzy PRL i kościoła w Polsce był wybór Karola Wojtyły na stolicę piotrową ogłoszony 16 października 1978 roku. Pierwsza pielgrzymka do Ojczyzny Jana Pawła II to słynne słowa wypowiedziane na warszawskim Okęciu: „Niech zstąpi Duch Twój i odnowi oblicze ziemi, tej ziemi.”. Zupełnie rewolucyjne w swym wydźwięku, towarzyszyły późniejszym rzeczywistym przemianom systemu i tym, którzy ich dokonywali, dodając im pewności, że zmiana rzeczywiście jest nieunikniona i nadziei, że dokona się już niedługo.
Zobacz papieskie przemówienie w Katedrze na Wawelu, które wygłosił podczas pierwszej pielgrzymki do Polski w 1979 r.Sprawy stosunków między państwem i religią po stronie władzy należały do obowiązków IV Departamentu Ministerstwa Spraw Wewnętrznych, działającym przez wiele lat pod dyrekcją płk Stanisława Morawskiego. W 1973 roku powołana została w nim specjalna komórka „D”, zajmująca się zadaniami specjalnymi oraz dezintegracją środowisk katolickich. 24 sierpnia 1989 roku gen. Kiszczak, jako ówczesny minister spraw wewnętrznych, rozwiązał IV Departament. Jego dokumentacja w większej części została zniszczona jeszcze przed zupełnym upadkiem PRL-u w Polsce. W związku z tym do dziś wszelkie działania państwa wobec kościołów w Polsce, a także zbrodnie dokonywane na kapłanach, nie tylko katolickich, pozostają do końca niewyjaśnione, a ich sprawcy nie ukarani.
Czy wywiad PRL wiedział o zamachu na Ojca Świętego? 
Przylot Jana Pawła II do Polski (4.06.1979r) 
Niech zstąpi Duch Twój - Jan Paweł II fragment homilii (2.06.1979r.) 
