Film oparty na materiałach Biura Śledczego MSW, zdeponowanych w IPN - przed premierą filmu nie pokazywanych publicznie. Są to zapisy video z tzw. konfrontacji (prowadzone przez prokuratora przesłuchania Pietruszki i Piotrowskiego na temat tych miejsc w ich zeznaniach, gdzie one się nie zgadzają). Zeznania są oczywiście ze sobą sprzeczne, obydwaj "bronią swojej skóry", opowiadają o szczegółach "operacji" bez emocji, dokładnie - jak zamierzali zgładzić księdza Jerzego Popiełuszkę, gdzie go wywieźć, jak spowodować, żeby zamilkł na zawsze. Kolejne sceny, to tzw. wizje lokalne - porywacze odtwarzają sceny porwania, bicia i torturowania księdza; wciąż spokojni, posługujący się bezbłędną polszczyzną: profesjonaliści, zawodowi mordercy. SB - cka kamera video rejestruje też wstrząsającą scenę wydobycia ciała kapłana z Wisły i sekcję zwłok. "Ksiądz" to film, z którym każdy widz musi się zmierzyć. Musi przyjąć, że zło - czyste zło istnieje, jest tuż obok - bo przecież porywacze księdza Jerzego, po odbyciu znacznie skróconych wyroków, spokojnie żyją wśród nas. Musimy uświadomić sobie, że na niemal 30 lat skazano nas na życie w kłamstwie gdzie prawdziwi zleceniodawcy mordu nie ponieśli nigdy kary. Film o ks. Jerzym nie jest filmem śledczym, jest filmem o nas: o naszej pamięci, o wartościach, którymi kierujemy się w życiu. "Ksiądz" to film, który zmusza do refleksji, film, który każdego z nas zaboli.