Tomasz Szarota w 1998 roku był wykładowcą w Instytucie Nauk o Człowieku w Wiedniu. Przebywał na stypendiach naukowych w Niemczech, Francji i Belgii. W pracy naukowej zajmuje się historią XX wieku, zwłaszcza dziejami okupacji hitlerowskiej i ruchu oporu w Polsce podczas II wojny światowej oraz życia codziennego w okupowanej Warszawie i innych stolicach Europy. Zasiada w Radzie Naukowej Centrum Badań Historycznych Polskiej Akademii Nauk w Berlinie, Radzie Naukowej Polskiego Słownika Biograficznego, Kolegium Programowym Muzeum II Wojny Światowej w Gdańsku oraz Radzie Programowej czasopisma Pamięć i Sprawiedliwość.