Scenariusz filmu oparty jest na powieści Janusza Głowackiego pt. "Wirówka nonsensu". Włodek, niedoszły rusycysta, usunięty z uczelni po 5 semestrach, jest szarym pracownikiem wielkiej księgarni. Zmęczony duszną atmosferą domu, gdzie w dwóch pokoikach mieszka z teściami, żoną i synem, wychodzi wieczorem z domu. Pretekstem jest kupno papierosów, prawdziwym powodem - potrzeba ucieczki od jazgotu telewizora, gderań teściowej, opowieści teścia i poganiania żony. Przypadkiem trafia do "Dziekanki", przypadkiem poznaje piękną studentkę polonistyki, Irenę. Zainteresowanie dziewczyną przeradza się w miłość. Ale Irena widzi we Włodku innego człowieka, człowieka, jakiego sobie wymarzyła, obdarzonego talentem, którego dotąd nie miał okazji rozwinąć. Postanawia wylansować go jako tłumacza literatury rosyjskiej, może w przyszłości pisarza. Historia ich romansu jest historią nieustannych zabiegów Ireny o zmuszenie Włodka do pracy twórczej, o stworzenie mu niezbędnych warunków i kontaktów. Zabiegi te prowadzą ich do miejsc uczęszczanych przez ludzi, którzy "się liczą", do pracowni, w której Włodek ma pracować nad swoimi tłumaczeniami, do redakcji, do modnego lokalu w Nieporęcie. Energia Ireny okazuje się daremna, próby wprowadzenia Włodka na drogę kariery literackiej kończą się fiaskiem. Napięta sytuacja domowa, poczucie niemożności sprostania nadziejom Ireny, potrzeba zwykłego ludzkiego uczucia i klęska własnych rozbudzonych aspiracji - wszystko to załamuje Włodka. Chce wrócić do dawnego, spokojnego życia, do tkliwej cichej żony. Ale tymczasem żona także się zmieniła i zaskakuje go swoimi ambitnymi projektami, w których Włodek znów odegrać ma główną rolę... Wajda przedstawił świat, w którym mężczyźni są coraz słabsi, coraz mniej romantyczni i męscy, a kobiety coraz bardziej władcze, dominujące nad mężczyznami, chwytanymi przez nie jak muchy na lep. To satyryczna, pełna ironii, gorzka, ale niezbyt realistyczna wizja społeczeństwa zdominowanego przez płeć niezupełnie słabszą. Realizując "Polowanie na muchy" Andrzej Wajda miał już na swoim koncie tak znane filmy, jak "Kanał", "Popiół i diament", "Popioły", "Lotna". Ta zmiana stylu - "Polowanie" jest bowiem farsą, komedią - została przyjęta przez krytykę i widzów bardzo różnie, pojawiły się głosy, że ten reżyser nie powinien zabierać się za gatunek zupełnie mu obcy, wyśmiewać rzeczywistości, która dla wielu ludzi jest czymś zupełnie naturalnym. Inni stając w obronie Wajdy twierdzili, że ma on prawo do twórczych poszukiwań, a stosunki panujące w środowisku nastawionym na ustawiczne robienie kariery to doskonały materiał na satyrę.