Bazą wyjściową do nakręcenia "Assassin's Creed" stały się bijące rekordy popularności gry komputerowe, do których fabuła luźno nawiązuje. Akcja rozgrywa się w większości w XXI wieku, w którym żyje bohater filmu, Callum Lynch, choć także przeności się daleko w przeszłość, kilka wieków wstecz. Callum przebywa w celi śmierci, ale jego egzekucja zostaje upozorowana, a on porwany i zmuszony do współpracy przez potężną organizację, która ma diabelski plan. Trafia do tajnego laboratorium, skąd siłą wysyłają go do czasów jego przodka, nieżyjącego od 500 lat Aguilary, który żył w Hiszpanii, w okresie inkwizycji. Callum dowiaduje się, że jest potomkiem tajnego stowarzyszenia asasynów. Zdobywa niezwykłą wiedzę i umiejętności, które pozwalą mu we współczesnym świecie stawić czoło okrutnej, potężnej organizacji templariuszy, którzy go porwali i wbrew jego woli wysłali w przeszłość. Ich głównym celem jest wydobycie pewnej tajemnicy, którą znał przodek Calluna.