Wydarzenie organizowane jest przez Uniwersytet Mikołaja Kopernika w Toruniu, Uniwersytet Jagielloński w Krakowie, Uniwersytet Warmińsko-Mazurski w Olsztynie oraz Instytut Historii Nauki Polskiej Akademii Nauk. Ze względu na bogate oraz wciąż żywe i rozwijane tradycje kopernikańskie w tych ośrodkach, Kongres ma formułę kroczącą.

Oficjalne otwarcie obrad odbyło się w Toruniu na 19 lutego 2023 roku – w rocznicę urodzin Mikołaja Kopernika i jednocześnie święta toruńskiego uniwersytetu. Obecnie obrady odbywają się w Krakowie (24-26 maja), a w następnej kolejności odbywać się będą w Olsztynie (21-24 czerwca) i Toruniu (12-15 września).